La contaminazione incrociata rappresenta un rischio importante nella catena di fornitura alimentare. Il passaggio di batteri, virus o altre sostanze tossiche potenzialmente letali da superfici o alimenti contaminati può avere conseguenze disastrose; pertanto, occorre ridurre al minimo le possibilità di tale passaggio rispettando con rigore le regole di sicurezza alimentare. 

Questi rischi sono particolarmente diffusi negli impianti di trasformazione, compresi quelli di produzione della carne, in cui il prodotto di base è un vettore comune di batteri, per il quale devono essere adottate adeguate misure preventive.

Nonostante la prevalenza di più rischi potenziali in ogni fase della catena, è assolutamente possibile prevenire la maggior parte dei casi di contaminazione incrociata, a condizione che sia applicato un sistema corretto di controllo della qualità che comprenda buone pratiche di fabbricazione.